Die Anfänge der Missionsgemeinde Heppenheim gehen auf das Jahr 1965 zurück. 

Ein Jahr nach Gründung der Odenwälder Heidenmission e.V. kamen die Vorstandsmitglieder zu dem Entschluss, auch in der Gemeindearbeit tätig zu werden.

Die Missionsgemeinde Heppenheim war von Beginn an evangelisch-freikirchlich ausgerichtet und ist seit 2003 Mitglied im Bund Freikirchlicher Pfingstgemeinden KdöR. 

2015 wurde die Missionsgemeinde Heppenheim e. V. als eigenständiger Verein gegründet.